Den indvendige struktur
Kapellets base følger en ellipseformet struktur, der følger det oprindelige cirkulære fundament, der blev lagt i Ascanio Vitozzis tid. De buede vægge er dekoreret med sort Fabrosa-marmor, der bidrager til den dystre stemning og har fremtrædende buer og lodrette pilastre. Guarinis pilastre har kapitæler af den korintiske orden, som er kunstnerisk omkranset af en tornekrone og en passionsblomst i midten, hvor tre søm dukker op som stigmata fra en rigtig blomst. Gulvet er lavet af indlagt marmor arrangeret i koncentriske cirkler.